Das Protokoll 3000 empfiehlt Jim Humble für fast alle Hauterkrankungen wie Akne, Fußpilz und Ekzeme. Dieses Protokoll war ursprünglich auch für Menschen entwickelt worden, die eine orale Einnahme von MMS nicht durchführen konnten. Hier wird stündlich bis zu 10mal am Tag die Chlordioxidlösung (20 aktivierte Tropfen MMS auf 50ml Wasser) auf bestimmte Körperbereiche aufgetragen und anschließend wird eine ca. 70%ige DMSO-Lösung (7 Teile DMSO + 3 Teile Wasser) darüber aufgetragen. Dabei trägt man diese Kombination bei jeder Anwendung abwechselnd auf eine andere Körperpartie ein (auf den linken Arm, dann rechten Arm, dann linkes Bein, Bauch, Rücken und wieder von vorne). Das Chlordioxid gelangt so mit Hilfe des Wirkverstärkers DMSO in tiefes Gewebe bis zur Blutbahn und kommt dann überall im Körper bin. Danach sollte alle 3 Tage einen Tag Pause eingelegt werden. Das Protokoll ist u.a. auch deshalb nicht mehr so häufig im Einsatz, da es mit CDS und CDSplus verträgliche und pH-neutrale Lösungen gibt, die auch von empfindlicheren Menschen gut vertragen werden.