Protocol 3000 is wat Jim Humble aanbeveelt voor bijna alle huidaandoeningen zoals acne, atletenvoet en eczeem. Dit protocol werd oorspronkelijk ook ontwikkeld voor mensen die geen orale dosis MMS konden nemen. Hier wordt de chloordioxideoplossing (20 geactiveerde druppels MMS op 50 ml water) elk uur tot 10 keer per dag op bepaalde delen van het lichaam aangebracht en vervolgens wordt er ongeveer 70% DMSO-oplossing (7 delen DMSO + 3 delen water) overheen aangebracht. Deze combinatie wordt bij elk gebruik afwisselend toegepast op een ander deel van het lichaam (linkerarm, dan rechterarm, dan linkerbeen, buik, rug en weer van voren). Het chloordioxide bereikt met behulp van de DMSO-versterker diepe weefsels en de bloedbaan en wordt vervolgens door het hele lichaam geabsorbeerd. Daarna moet er om de 3 dagen een dag lang een pauze worden ingelast. Een van de redenen waarom het protocol niet meer zo vaak wordt gebruikt, is dat er met CDS en CDSplus compatibele en pH-neutrale oplossingen zijn die ook door gevoeligere mensen goed worden verdragen.