Il protocollo 3000 è quello che Jim Humble raccomanda per quasi tutte le malattie della pelle come acne, piede d’atleta ed eczema. Questo protocollo è stato originariamente sviluppato anche per le persone che non potevano prendere una dose orale di MMS. Qui, la soluzione di biossido di cloro (20 gocce attivate di MMS a 50 ml di acqua) viene applicata su alcune aree del corpo ogni ora fino a 10 volte al giorno e poi una soluzione di circa il 70% di DMSO (7 parti di DMSO + 3 parti di acqua) viene applicata su di essa. Questa combinazione viene applicata alternativamente ad una parte diversa del corpo ogni volta che viene utilizzata (braccio sinistro, poi braccio destro, poi braccio sinistro, poi gamba sinistra, addome, schiena e di nuovo dalla parte anteriore). Il biossido di cloro, con l’aiuto del potenziatore DMSO, raggiunge i tessuti profondi e il flusso sanguigno e viene poi assorbito in tutto il corpo. Dopo di che, ogni 3 giorni dovrebbe fare una pausa per un giorno. Uno dei motivi per cui il protocollo non viene più utilizzato così frequentemente è che con CDS e CDSplus ci sono soluzioni compatibili e a pH neutro che sono anche ben tollerate dalle persone più sensibili.