El Protocolo 3000 es lo que Jim Humble recomienda para casi todas las condiciones de la piel como el acné, el pie de atleta y el eczema. Este protocolo también se desarrolló originalmente para las personas que no podían tomar una dosis oral de MMS. Aquí, la solución de dióxido de cloro (20 gotas activadas de MMS a 50ml de agua) se aplica a ciertas áreas del cuerpo cada hora hasta 10 veces al día y luego una solución de DMSO al 70% aproximadamente (7 partes de DMSO + 3 partes de agua) se aplica sobre ella. Esta combinación se aplica alternativamente a una parte diferente del cuerpo cada vez que se utiliza (brazo izquierdo, luego brazo derecho, luego pierna izquierda, abdomen, espalda y de nuevo desde el frente). El dióxido de cloro, con la ayuda del potenciador DMSO, llega a los tejidos profundos y al torrente sanguíneo y es absorbido por todo el cuerpo. Después de eso, cada 3 días debe tomar un descanso por un día. Una de las razones por las que el protocolo ya no se utiliza con tanta frecuencia es que con el CDS y el CDSplus hay soluciones compatibles y de pH neutro que también son bien toleradas por las personas más sensibles.