Protokół 3000 jest tym, co Jim Humble zaleca w przypadku prawie wszystkich chorób skóry, takich jak trądzik, stopa sportowca i egzema. Protokół ten został pierwotnie opracowany również dla osób, które nie mogły przyjmować doustnej dawki MMS. Roztwór dwutlenku chloru (20 aktywowanych kropli MMS do 50ml wody) nakłada się na określone obszary ciała co godzinę do 10 razy dziennie, a następnie nakłada się na nie ok. 70% roztwór DMSO (7 części DMSO + 3 części wody). Kombinacja ta jest stosowana naprzemiennie do innej części ciała za każdym razem, gdy jest używana (lewe ramię, następnie prawe ramię, następnie lewa noga, brzuch, plecy i ponownie od przodu). Dwutlenek chloru, przy pomocy wzmacniacza DMSO, dociera do głębokich tkanek i krwiobiegu, a następnie jest wchłaniany przez cały organizm. Po tym, co 3 dni powinna zrobić sobie przerwę na jeden dzień. Jednym z powodów, dla których protokół nie jest już tak często używany jest to, że w CDS i CDSplus istnieją kompatybilne i neutralne pH roztwory, które są również dobrze tolerowane przez osoby bardziej wrażliwe.