Przyjmowanie kapsułek MMS2 indywidualnie kilka razy w ciągu dnia jest również czasami określane jako protocol-4000. Kapsułki z podchlorynem wapnia najlepiej przygotować samodzielnie. Można więc określić ilość i powoli zwiększać ją aż do około 400mg na kapsułkę. Jest to szczegółowo opisane w innym miejscu.