Istnieje 5 znanych pasożytów, które mogą powodować malarię (zwane również gorączką bagienną lub gorączką przemienną). Zazwyczaj są one wywoływane przez ugryzienie komara Anophelesa. Większość doświadczeń w leczeniu malarii jest dostępna z klasycznym MMS. Dorośli dostają 18, a dzieci 9 aktywowanych kropli MMS w wysokiej pojedynczej dawce do picia. W bardzo rzadkich przypadkach wymagana jest druga dawka w tej samej ilości. Pasożyty są całkowicie eliminowane w organizmie z dużą dawką uderzeniową. Ta wysoka pojedyncza dawka jest o wiele za wysoka dla zdrowych ludzi. W związku z tym należy wcześniej, w miarę możliwości, upewnić się, że występuje tam zakażenie malarią. W tym celu można również użyć szybkich testów krwi.